Założę się, że na tak sformułowany podtytuł większość czytelników odruchowo się żachnie – a jednak Inkwizycji właśnie zawdzięczamy szereg instytucji, którymi chlubi się nowożytny system prawny. Pierwszą z tych zdobyczy jest instytucja obrońcy. Z całą pewnością nie był to obrońca w dzisiejszym znaczeniu tego słowa (niektórym posada ta myliła się zapewne z funkcją prokuratorską), jednak fakt pozostaje faktem – to właśnie Officium zawdzięczamy tę – fundamentalną dla nowoczesnego wymiaru sprawiedliwości – instytucję prawną.
Kolejną innowacją, może nie tyle wprowadzoną co wskrzeszoną przez Inkwizycję była wieloinstancyjność. Od wyroku trybunału oskarżony mógł się odwoływać (jednak początkowo nie wszystkim więźniom na to zezwalano). Praktyka blokowania części odwołań zanikła z chwilą, kiedy Suprema (naczelny organ inkwizycji w Hiszpanii) wprowadziła obowiązek przekazywania wyroków do siebie dla zatwierdzenia. Zmieniała ona często wyroki nawet bez składania odwołania i to przeważnie na korzyść oskarżonych.
Warto także powiedzieć, iż o ile koncepcje doktrynalne Lutra nie spotkały się w Hiszpanii ze zbyt gorącym przyjęciem, o tyle postulaty moralne zrealizowano na długo przed wystąpieniem doktora Marcina w Wittenberdze. Wydano także walkę handlowi odpustami (co było osią późniejszego wystąpienia Lutra). Praktyka ta nie była zresztą nigdy przez Kościół Powszechny dopuszczona, jednak dość często zdarzały się w jej dziedzinie nadużycia.
Jeszcze lepszą pod względem "zdobyczy" kartę ma Inkwizycja Papieska. Mocą ustanowienia papieża Grzegorza IX podsądny nie tylko mógł, ale wręcz musiał mieć obrońcę i to z kwalifikacjami zawodowego prawnika, zeznania wydobyte na torturach nie mogły być materiałem dowodowym, a oskarżony oraz jego obrońca mogli się zapoznać z wszystkimi dowodami winy i nazwiskami świadków (rzecz nowa w ówczesnym wymiarze sprawiedliwości, całkowicie różna nawet od praktyki obowiązującej w Inkwizycji hiszpańskiej).
Bardzo surowe kary – do śmieci włącznie – groziły za rzucanie fałszywych oskarżeń (ten punkt staje się oczywisty, jeśli pamiętać, iż Rzym powołał Inkwizycję papieską przede wszystkim po to, by zapobiec skazywaniu niewygodnych ludzi pod pozorem herezji czy czarów (co było dość powszechną praktyką wśród średniowiecznych feudałów). Inkwizycja znała także instytucję ławników – choć pełnili oni raczej rolę konsultacyjną dla zawodowego sędziego. Wprowadzono też – rewolucyjną na owe czasy – zasadę, iż nie wolno karać ludzi niepoczytalnych. Nie była to czysta teoria – przewód sądowy rozpoczynał się od obdukcji lekarskiej.
Inna innowacją, jaką wprowadziła Inkwizycja papieska było wcześniejsze zwolnienie za dobre sprawowanie.
Wszystkie te innowacje wynikały z tego, iż proces inkwizycyjny zerwał z bałaganiarskim (i w dużej mierze samowolnym) sądownictwem przypadkowych władców, wprowadzając ścisłą procedurę opartą w dużej mierze na prawie rzymskim. I podobnie jak w Rzymie, śledztwo przestało się skupiać na skazaniu oskarżonego, przykładając dużą wagę do zbadania prawdy (stąd nazwa od łac.nquisitio – badanie, śledztwo).
W składzie trybunału musiała być co najmniej jedna osoba z fakultetem z medycyny (wykluczano osoby chore). Stosowano także wyłączanie uprzedzonych sędziów z procesów.
Niestety, razem z pozytywnymi zdobyczami prawa rzymskiego wprowadzono także jego elementy kontrowersyjne – jak choćby tortury. Inna rzecz, że nawet one były skodyfikowane i mimo wszystko stanowiły istotny postęp przeciw ludowej praktyce ordaliów.